1. 按照定位级别分类。可以分为学生级、实验级、研究级生物显微镜。2. 按照目镜的个数分类。可以分为单目型、双目型、三目型生物显微镜。3. 按目镜和移动台的相对位置分类。可以分为正置生物显微镜和倒置生物显微镜。正置(常规)生物显微镜的物镜在移动台的上方，倒置生物显微镜的物镜在移动台的下方。4. 按成像原理分类。可以分为光学生物显微镜和电子生物显微镜。光学显微镜主要由目镜、物镜、载物台和反光镜(集光镜)组成。目镜和物镜都是凸透镜，焦距不同。物镜的凸透镜焦距小于目镜的凸透镜的焦距。物镜相当于投影仪的镜头，江南永新生物显微镜，物体通过物镜成倒立、放大的实像。目镜相当于普通的放大镜，该实像又通过目镜成正立、放大的虚像。经显微镜到人眼的物体都成倒立放大的虚像。
4. 低倍物镜观察。用显微镜观察标本时，应先用低倍物镜找到物像。因为低倍物镜观察范围大，容易找到物像并定位到需作精细观察的部位。方法为：1) 转动粗准焦旋钮，用眼从侧面观望，使镜筒下降，直到低倍物镜距标本0.5厘米左右。2) 从目镜中观察，用手慢慢转动粗准焦旋钮，使镜筒渐渐上升，直到视野内的物像清晰为止。此后改用细准焦旋钮，稍加调节焦距，奥特光学生物显微镜，使物像清晰。3) 微调移动台或玻片移动器，找到欲观察的部分。要注意通常显微镜视野中的物像为倒像，移动玻片时应向相反方向移动。
5. 高倍倍观察。在低倍观察基础上，若想增加放大倍数，可进行高倍观察。方法为：1) 将欲观察的部分，移至低倍镜视野正中央，物像要清晰。2) 旋转物镜转换器，生物显微镜，使高倍物镜移到正确的位置上，随后稍微调节细准焦旋钮，即可使物像清晰。3) 微调移动台或玻片移动器，定位欲仔细观察的部位。注意：使用高倍物镜时，由于物镜与标本之间距离很近，因此不能动粗准焦旋钮，只能用细准焦旋钮。
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